Prefektura Nagasaki (長崎県) – prefektura w Japonii, na zachodnim wybrzeżu wyspy Kiusiu (Kyūshū) i setkach wysp u jej wybrzeży. Jej stolicą jest miasto Nagasaki.
Prefektura jest otoczona z trzech stron Morzem Wschodniochińskim, od północy i północnego wschodu graniczy na lądzie z prefekturą Saga, a poprzez zatokę Ariake z prefekturami: Kumamoto i Fukuoka. Należy do niej ok. 1 tys. wysp, a największe z nich to: Tsushima, Iki i archipelag Gotō. Długość linii brzegowej wynosi ponad 4000 km.
W centrum prefektury znajduje się prawie zamknięta zatoka Ōmura o powierzchni 320 km². Jest ona połączona od północy z zatoką Sasebo, wychodzącą na Morze Wschodniochińskie, jedynie poprzez dwie cieśniny: Hario o szerokości około 200 m oraz Haiki o szerokości 10 m w najwęższym miejscu. Na zachód od zatoki Ōmura znajduje się półwysep Nishi-Sonogi, a na południowy zachód – półwysep Nagasaki. Na południowym wschodzie znajduje się morze Ariake, zatoka o powierzchni 1700 km², która oblewa półwysep Shimabara z grupą wulkanów Unzen. Od zachodniej strony półwyspu znajduje się zatoka Tachibana.
