Shkodėr (Albanees: Qarku i Shkodrės) is een van de 12 prefecturen van Albaniė en ligt in het noordwesten van het land. De hoofdstad van de prefectuur is Shkodėr.
Volgens de volkstelling van 2011 telt de prefectuur Shkodėr 215.347 inwoners. Het aantal inwoners is sinds de val van het communisme afgenomen: in 1989 woonden er nog 285.258 mensen in prefectuur Shkodėr.
