Prienai è il capoluogo dell'omonimo comune distrettuale, situato nella Lituania meridionale, sulle sponde del fiume Nemunas e si trova a 39 chilometri a sud di Kaunas.
La prima menzione in un documento della città di Prienai risale al 1502, quando il Gran Duca di Lituania Alessandro Jagellone cedette la città al nobile Michail Glinskij. Nel 1609, la città ottenne il diritto di Magdeburgo; iniziò così un periodo di crescita che continuò per tutto il diciassettesimo e diciottesimo secolo.
Prima della seconda guerra mondiale anche Prienai venne occupata dalle forze sovietiche e durante la seconda guerra mondiale, la città subì l'occupazione nazista e Prienai perse la quasi totalità dei suoi abitanti. Molte persone emigrarono o furono espulse, mentre gli abitanti ebrei vennero uccisi dai nazisti. Il 27 agosto 1941, 1.078 ebrei di Prienai e delle aree limitrofe, vennero uccisi dalla Rollkommando Hamann, aiutati da parte della popolazione locale.
