La préfecture de Kukės (en Qarku i Kukėsit) est une préfecture d'Albanie. Sa capitale est Kukės.
Elle est bordée par le Monténégro au nord, par le Kosovo ą l'est et par la Macédoine au sud-est.
Avec 75746 habitants selon le recensement de 2008, il s'agissait de la préfecture la moins peuplée d'Albanie, et aussi de la moins dense (32 habitants par kilomčtre carré, contre une moyenne nationale de 98 hab./km2).
La préfecture de Kukės était sous-divisée en trois districts : Has, Kukės et Tropojė, mais depuis une réforme administrative en 2015 il n'y a plus de districts en Albanie.
