Kukes prefektur (alb. Qarku i Kukësit) är en av Albaniens tolv prefekturer. Den bestod fram till 2014 av distrikten Has, Kukes och Tropoja med Kukes som residensstad.
Kukes prefektur är sedan 2014 indelad i kommunerna Has, Kukës och Tropojë.
Andra orter i Kukës prefektur är Bajram Curr, Fierzë och Kruma.