Европейците откриват атлантическото крайбрежие на Никарагуа през 1502 г. по време на четвъртото пътешествие на Христофор Колумб. Няколко години по-късно започва и завладяването на страната под ръководството на Хил Гонзалес Авила през 1520 г. Първото постоянно селище е основано през 1524 от конкистадора Франсиско Ернандес де Кордова – Гранада на брега на езерото Никарагуа, а по-късно и Леон на изток от езерото Манагуа. Към 1529 завладяването на Никарагуа приключва с почти цялостното унищожаване на местното население. Тези, които оцелели, са изпратени да работят в мините в северната част на страната.
След завладяването си Никарагуа става част от Кралство Гватемала със столица Леон. През 1610 г. вулканът Момотомбо изригва и унищожава напълно града. Никарагуа извоюва своята независимост от Испания през 1821 г. За кратък период влиза в състава на Федерална Централноамериканска Република, от която излиза през 1838 г. и окончателно става независима държава.
