Префектура Яманасі розташована на острові Хонсю, в регіоні Тюбу. Це одна з небагатьох японських префектур, що не має виходу до моря. Яманасі межує із префектурами Токіо, Канаґава, Сідзуока, Наґано й Сайтама. Через географічну близькість до Токіо її відносять до столичної агломерації. Рельєф префектури Яманасі гористий. На півдні розташована гора Фудзі — національний символ країни. Єдиною рівниною префектури є западина Кофу, розташована в західній частині префектури. Адміністративний центр Яманасі — місто Кофу. З усіх префектур столичної агломерації Яманасі має найбагатшу флору і фауну. Лісові курорти префектури служать місцем відпочинку токійців та мешканців сусідніх великих міст.
Префектура Яманасі займає територію історичної провінції Кай. Вона поділялася на два мікрорегіони — західний Кунінака й східний Ґуннай. Перший знаходився в басейні річки Фудзі, а другий в межиріччі Саґамі й Тами. Між обома регіонами простягалися гори висотою 1500 — 2000 м. Через труднощі транспортного сполучення Кунінака й Ґуннай розвивалися ізольовано. Це спричинило відмінності у соціально-економічному житті їхніх мешканців. Ці відмінності зберігалися до початку 21 століття.