Зі сходу на південь територією Фукуоки тягнуться гори і пагорби Сефурі та Сангун. Їх найвищою точкою є гора Сефурі висотою 1055 м. Вона розташована на кордоні з префектурою Саґа.
Фукуока належить до вологого субтропічного кліматичного поясу. Під впливом північно-західних вітрів у місті переважає хмарна погода. Середньомісячна температура за 1971–2000 роки становить 16,6 °C тепла, а кількість опадів 1632,3 мм. Через постійний ріст населення у місті відчувається нестача води.
Фукуока, яка мала вихід до Японського моря і знаходилися по-сусідству з Кореєю і Китаєм, віддавна була важливим центром японсько-китайсько-корейських зв'язків. На межі нашої ери, у період Яйой, територія сучасного міста була густо заселена. Ймовірно в районі Фукуоки існувала одна з перших японських протодержав На, володар якої отримав у 57 році золоту печатку і титул вана.
З 6 століття на теренах Фукуоки знаходилось портове місто На . У 8 — 11 століттях воно слугувало місцем відрядження японських посольств до Китаю і Кореї, та першим портом, що приймав іноземних послів та купців до Японії. Завдяки цьому місто швидко перетворилося на один зі центрів східноазійської торгівлі. З початку 11 століття його стали називали «Хаката».
У 13 столітті Хаката була одним з найбільших населених пунктів Японії. Окрім японців тут мешкали корейці і китайці, які мали власні квартали і храми. Через монгольські навали 1274 і 1281 років Японія припинила дипломатичні та торговельні відносини з материком, що негативно відбилося на розвитку міста. Проте у 15 — 16 століттях, завдяки активній японсько-мінської торгівлі Хаката повернула собі колишню славу японського «вікна в Азію». Місто вважалося одним з трьох найбільших торговельних центрів Японії поряд з Сакаї та Боноцу.
