Prefektura Kioto (京都府) – prefektura znajdująca się na wyspie Honsiu (Honshū) w regionie Kinki (Kansai) w Japonii. Jej stolicą jest miasto Kioto.
Prefektura Kioto graniczy z prefekturami: Fukui na północnym wschodzie, Shiga na wschodzie, Nara i Mie na południowym wschodzie, Osaka na południowym zachodzie oraz Hyōgo na zachodzie. Północne wybrzeża prefektury oblewa Morze Japońskie.
W centralnej części prefektury znajduje się płaskowyż Tamba. Największe rzeki to: Katsura, Kizu oraz Yodo, która wypływa z jeziora Biwa, przepływa przez Kioto i wpływa do zatoki Osaka. Prefektura podzielona jest na cztery regiony: Tango na północy, Tamba w środkowej części, miasto Kioto i Yamashiro na południu.
