Ņiigatas prefektūra (ja) ir viena no Japānas prefektūrām, kas atrodas Čjūbu reģionā uz Honsju salas. Prefektūra robežojas ar Gummas prefektūru, ar Nagano prefektūru un ar Tojamas prefektūru dienvidos, ar Jamagatas prefektūru ziemeļos un ar Fukusimas prefektūru austrumos, bet rietumos to apskalo Japāņu jūra.
Prefektūra kopējā platība ir 12 582,47 km² un sīkāk sastāv no 9 rajoniem, 30 pašvaldībām un 20 pilsētām. Lielākā pilsēta un administratīvais centrs ir Ņiigata. Pēc 2016. gada datiem prefektūrā dzīvo ap 2,29 miljoniem iedzīvotāju. Tā ir piektā lielākā Japānas prefektūra pēc platības un četrpadsmitā lielākā pēc iedzīvotāju skaita.
25% no prefektūras teritorijas aizņem nacionālie parki. Prefektūras ekonomika galvenokārt balstās uz lauksaimniecības nozari un rīsu audzēšanu.
