Palupera oli kunta Virossa Valgamaan maakunnassa.
Vuoden 2017 kuntauudistuksessa Paluperan kunta jaettiin kahtia: kylistä seitsemän liitettiin uuteen Otepään kuntaan ja seitsemän Tartumaalle perustettuun Elvan kuntaan. Paluperan kylä siirtyi Elvaan.
Kunta sijaitsi maakunnan koillisosassa Valgan koillis- ja Tarton lounaispuolella. Kunnassa oli arviolta 1 044 asukasta (vuonna 2016) ja sen pinta-ala on 123,29 neliökilometriä.
Kuntaan kuului 14 kylää: Astuvere, Atra, Hellenurme, Lutike, Makita, Miti, Mäelooga, Neeruti, Nõuni, Palupera, Pastaku, Päidla, Räbi ja Urmi.