Gifun prefektuuri on prefektuuri Chūbun alueella Japanissa. Sen pääkaupunki on Gifu.
Koska Gifun prefektuuri sijaitsee aivan Japanin keskiosassa, sillä on ollut kauan merkittävä asema kulkureittien risteysalueena, joka on yhdistänyt maan itä- ja länsiosat toisiinsa esimerkiksi Nakasendō-tien kautta. Sengoku-kaudella monet käyttivät Gifusta sananlaskua "hallitse Gifua niin hallitset Japania".
Prefektuurin kartta Gifu on yksi Japanin harvoista sisämaaprefektuureista. Sillä on yhteistä rajaa seitsemän muun prefektuurin kanssa: Aichin, Fukuin, Ishikawan, Mien, Naganon, Shigan ja Toyaman. Kaikki Japanin postinumerot alkavat kolminumeroisella tunnuksella, joka vaihtelee 001:stä 999:ään – osassa Gifun prefektuuria tunnus on 500, mikä on jälleen yksi osoitus prefektuurin sijainnista aivan Japanin keskellä.
