Jayapura ist eine indonesische Stadt auf Neuguinea; sie ist Hauptstadt der Provinz Papua und der Region Westneuguinea, des indonesischen Teils der Insel.
Die Stadt Jayapura liegt an der nördlichen Pazifikküste an der Yos Sudarso Bay (früher Humboldt Bay) nahe der Grenze zu Papua-Neuguinea (hier Sandaun Province, Vanimo-Green River District). Das Stadtgebiet erstreckt sich in seinem dünnbesiedelten Distrikt Muara Tami auf seiner ganzen Breite von über 20 Kilometern bis an die hier genau am 141. Meridian Ost verlaufende internationale Grenze. Im Westen reicht der Distrikt Heram bis an das Ufer des Sentani (See), der bereits zum Regierungsbezirk (Kabupaten) Jayapura gehört. Im Süden liegt der Regierungsbezirk Keerom, im Norden der Pazifische Ozean.
Sie ist Verwaltungs- und Handelszentrum, Sitz der römisch-katholischen Diözese Jayapura, verfügt über einen Hafen und einen Flughafen und ist seit 1962 Sitz einer Universität, der Cenderawasih („Paradiesvogel“)- Universität. Von den mehr als 200.000 Einwohnern stellen aus anderen Teilen Indonesiens zugewanderte Menschen rund 80 % der Bevölkerung, die Papua bilden eine Minderheit von rund 20 %.
